Γύρω στα 1629-30 μ.Χ. καινούργια δοκιμασία έπληξε το ευλογημένο νησί της Κέρκυρας. Αρρώστια μεταδοτική και θανατηφόρα, το κτύπησε αυτή τη φορά χωρίς διάκριση και έλεος.
Ήταν πανώλης (πανούκλα). Άνδρες και γυναίκες, νέοι και γέροι, πλούσιοι και πτωχοί προσβάλλονται καθημερινά από την επάρατη νόσο και πεθαίνουν τόσο στην πόλη, όσο και στην ύπαιθρο, τα χωριά. Η διοίκηση του νησιού με τα πρώτα κρούσματα σπεύδει να ψηφίσει και να διαθέσει ένα τεράστιο ποσό, για να περιορίσει την εξάπλωση της αρρώστιας. Άδικα όμως αγωνίζεται.
Σε λίγο καιρό η ωραία Κέρκυρα πάει να ερημώσει. Τα καταστήματα τόσο στην πόλη, όσο και στα μεγάλα κέντρα έχουν κλείσει. Η αγορά νεκρώθηκε. Οι δρόμοι έχουν αδειάσει. Μονάχα μερικά αλογοσυρόμενα κάρα κινούνται κάπου-κάπου φορτωμένα με πτώματα για να μεταφέρουν το μακάβριο φορτίο τους έξω από την πόλη για ταφή σε ομαδικούς τάφους. Εικόνα τραγική παρουσιάζει ολόκληρο το νησί.
Κάποια μέρα στη συμφορά αυτή την κοσμογονική ο πιστός και πονεμένος λαός παρά τις συστάσεις των ιατρών να αποφεύγει τον συνωστισμό, τολμά και σπεύδει να κατακλύσει τον Ιερό Ναό του Αγίου Σπυρίδωνα και με συντριβή ψυχής και δάκρυα καυτά να εκζητήσει τη μεσιτεία του.
Κι η σωτηρία δεν αργεί. Προσφέρεται γρήγορα και πλούσια.
Ο ιστορικός της Κέρκυρας Ανδρέας Μάρμορας που ζούσε Τότε, μας λέγει, πως η τρομερή επιδημία, παρά την έλλειψη σχετικών φαρμάκων, σε λίγο περιορίστηκε στο ελάχιστο και μέχρι την Κυριακή των Βαΐων σταμάτησε τελείως. Όλες τις νύκτες κατά τις οποίες η πόλη δοκιμαζόταν από την αρρώστια, πάνω από το ναό του αγίου φαινόταν κάτι σαν φως μιας υπερκόσμιας κανδήλας. Ήταν το σημάδι πως ο άγιος αγρυπνούσε και φρουρούσε τον λαό του. Έτσι το εξήγησαν οι πιστοί. Το φως το έβλεπαν συνέχεια οι νυχτερινοί σκοποί των φρουρίων.
Η τρομερή αυτή επιδημία, η πανώλης, παρουσιάστηκε και δεύτερη φορά στην Κέρκυρα μετά από σαράντα περίπου χρόνια, το 1673 μ.Χ. Και τούτη τη φορά η αρρώστια ξαπλώθηκε γρήγορα σε πόλεις και χωριά. Τα κρούσματα υπήρξαν πάμπολλα. Το δρεπάνι του θανάτου θέριζε κι αυτή τη φορά καθημερινά ένα μεγάλο αριθμό από τους κατοίκους.
