Σύμφωνα με σειρά αποφάσεων του Συμβουλίου της Επικρατείας, η Εκκλησία της Ελλάδος δεν απαλλάσσεται του φόρου εισοδήματος από την εκμίσθωση των αστικών ακινήτων της.
Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο, απέρριψε (1731-1733/2018) τις προσφυγές της Εκκλησίας της Ελλάδος, η οποία ζητούσε να ανακληθεί μερικώς, λόγω πλάνης, η υποχρέωση της να καταβάλλει για μια τριετία συνολικό φόρο ύψους 18 εκατ. ευρώ περίπου. Μάλιστα, οι δικαστές αποφάνθηκαν πως καλώς η Εκκλησία κατέβαλε για 164 ακίνητα, κατά την τριετία 2011-2013, φόρο 2,9 εκ. ευρώ περίπου τον οποίο ζητούσε να της επιστραφεί ως αχρεωστήτως καταβληθείς φόρος εισοδήματος.
Το Β΄ Τμήμα του ΣτΕ αποφάνθηκε ότι η απαλλαγή από το φόρο που προβλεπόταν από το έτος 1952 με το Νομοθετικό Διάταγμα 2185/1952 για τα νομικά πρόσωπα καταργήθηκε το 1971 με το Νομοθετικό Διάταγμα 1077/1971. Στην πράξη αυτό σημαίνει σύμφωνα με τους δικαστές ότι «η Εκκλησία της Ελλάδος ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού σκοπού, κατά τα άρθρα 99, 101 και 109 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος (Κ.Φ.Ε.) υπόκειται σε φόρο εισοδήματος για τα εισοδήματα από τα παραχωρηθείσα σ΄ αυτήν δυνάμει της σύμβασης του 1952 αστικά ακίνητα (σ.σ.: συνολικά είναι 164).
Μάλιστα, συνεχίζουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, οι ρυθμίσεις του άρθρου 12 του νόμου 3842/2010 για τη κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών νομικών προσώπων κερδοσκοπικού ή μη χαρακτήρα δεν επέφερε αλλαγή στις ήδη υφιστάμενες υποχρεώσεις για τα συγκεκριμένα ακίνητα της Εκκλησίας της Ελλάδος.
