Στις 18 Ιανουαρίου το 1823 η γ' Εθνοσυνέλευση όρισε το Ναύπλιο ως την πρώτη πρωτεύουσα της Ελλάδας. 

Κατά τη διάρκεια της επανάστασης του 1821, η πρώτη πολιορκία του Ναυπλίου έλαβε χώρα από τις 4-10 Απριλίου 1821, δια ξηράς και θαλάσσης (με επικεφαλής την Μπουμπουλίνα).

Ακολούθησε άλλη μια η οποία χαλάρωσε από τον Κεχαγιά μπέι και μια υπό τον Νικήτα Σταματελόπουλο.

Παράλληλα δύο αγγλικά πλοία παρείχαν προμήθειες στους πολιορκούμενους.

Τις 18 Ιουνίου 1822 οι Τούρκοι αναγκάστηκαν να συνθηκολογήσουν, αλλά ενισχύσεις από τον Δράμαλη καθυστέρησαν τη συνθήκη.

Σις 30 Νοεμβρίου 1822, οι Έλληνες κατάφεραν να εισβάλλουν κρυφά στο Παλαμήδι μέσα στη νύχτα υπό την αρχηγία του Στάικου Σταϊκόπουλου και τελικά, τις 3 Δεκεμβρίου 1822, η φρουρά παραδόθηκε.

18 Ιανουαρίου 1823: Το Ναύπλιο πρώτη πρωτεύουσα της Ελλάδας

Στις 18 Ιανουαρίου 1823, το Ναύπλιο ορίστηκε έδρα της κυβερνήσεως, η οποία εγκαταστάθηκε εκεί τον Ιούνιο του 1824, και τις 4 Μαΐου 1827, με απόφαση της γ΄Εθνοσυνέλευσης, «καθέδρα» της κυβέρνησης.

Το πρώτο Φύλλο της Εφημερίδα της Κυβερνήσεως τυπώθηκε στο Ναύπλιο τις 22 Σεπτεμβρίου 1825.
 
Το εκτελεστικό στεγάστηκε στο κονάκι του Αγά Πασά και το βουλευτικό στον τεκέ του Αγά Πασά.

Η επιλογή του Ναυπλίου ως πρωτεύουσα έγκειται στο γεγονός ότι ήταν παραθαλάσσιο, και θα μπορούσε να ανεφοδιαστεί δια θαλάσσης σε περίπτωση πολιορκίας.

Επίσης, ήταν κοντά στις Σπέτσες και στην Ύδρα και μπορούσε να ελέγχει αρκετές περιοχές της Πελοποννήσου και θαλάσσιες διαδρομές.

Η έδρα της κυβέρνησης μεταφέρθηκε προσωρινά στην Αίγινα από τον Αύγουστο του 1827 μέχρι τις 3 Μαρτίου 1829 για λόγους ασφαλείας, αλλά η καθέδρα παρέμεινε στο Ναύπλιο.
 
Ο μουσουλμανικός πληθυσμός του έφυγε, εκτός από κάποιους αιχμάλωτους αξιωματούχους.

Οι οχυρώσεις, τα άδεια σπίτια και η ασφάλεια που προσέφερε οδήγησαν το Ναύπλιο να γίνει δέκτης μεγάλου αριθμού προσφύγων, ιδίως μετά την απόβαση του Ιμπραήμ Πασά και την πτώση του Μεσολογγίου το 1826, οδηγώντας το σε κατάσταση υπερπληθυσμού.

Ο μεγάλος πληθυσμός, οι κακές συνθήκες υγιεινής, το κοντινό έλος, η έλλειψη πόσιμου νερού συνέβαλαν στην εμφάνιση επιδημιών πανώλης και ελονοσίας.

Οι πρόσφυγες αποχώρησαν από το Ναύπλιο τα επόμενα χρόνια και το 1829, το Ναύπλιο αριθμούσε 5.550 κατοίκους, σύμφωνα με στοιχεία γαλλικής αποστολής, ενώ το 1853 3.435 κατοίκους.

Ο Ιωάννης Καποδίστριας αποβιβάστηκε στο Ναύπλιο τις 8 Ιανουαρίου 1828. Το 1829 κτίστηκε το ανάκτορο του κυβερνήτη.

Ο Ιωάννης Καποδίστριας δολοφονήθηκε τις 9 Οκτωβρίου 1831 από μέλη της οικογένειας Μαυρομιχάλη μπροστά στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο.

Η χώρα βυθίστηκε σε περίοδο αναρχίας μέχρι την άφιξη του βασιλιά Όθωνα, ο οποίος αποβιβάστηκε στο Ναύπλιο τις 25 Ιανουαρίου 1833.

Με τη μεταφορά της πρωτεύουσας το 1834 στην Αθήνα, το Ναύπλιο μετατρέπεται σε μια τυπική επαρχιακή πόλη.