Με την έναρξη των εργασιών του Μετρό άρχισε να αποκαλύπτεται μία άλλη, υπόγεια Αθήνα. Κάτω από την επιφάνεια βρίσκονται νεκροταφεία, σπήλαια, υδραγωγεία και καταφύγια που χρονολογούνται χιλιετίες πριν, από τη γέννηση του Χριστού έως και τον 21ο αιώνα.
Πολλά νεκροταφεία στην Αθήνα κατασκευάζονταν υπόγεια για να προστατεύονται από καταστροφές, είτε φυσικές είτε πολεμικές. Συνήθως τοποθετούνταν κάτω από εκκλησίες και εκτός από τα λείψανα, φυλάσσονταν και εκκλησιαστικά σκεύη.
Χαρακτηριστική περίπτωση είναι το οστεοφυλάκιο της παλαιάς ρώσικης παροικίας της Αθήνας, που φυλάσσεται σε κρύπτη κάτω από την Ρώσικη Εκκλησία στην οδό Φιλελλήνων.
Κρύπτες υπάρχουν και κάτω από την Αρχιεπισκοπή Αθηνών, στην είσοδο των οποίων είναι τοποθετημένη μαρμάρινη πλάκα που γράφει «Υπόγεια Κρύπτη». Στην τουρκοκρατία, οι κρύπτες λειτούργησαν και ως καταφύγιο για τις μοναχές του μοναστηρίου της Αγίας Φιλοθέης.
Τεράστια υπόγεια καταφύγια υπάρχουν κάτω από το ξενοδοχείο Μεγάλη Βρετανία και το κτίριο του Μετοχικού Ταμείου Στρατού.
Το υπέδαφος της Αθήνας είναι γεμάτο στοές που χρησιμοποιούνταν για τη μεταφορά υδάτων από υδραγωγεία. Το πιο εκτεταμένο δίκτυο στοών εξυπηρετούσε το Αδριάνειο Υδραγωγείο, που ξεκινούσε από τη Δεκέλεια και κατέληγε στην Πλατεία Δεξαμενής στο Κολωνάκι.
Κατασκευάστηκε από τον αυτοκράτορα Αδριανό το 140 π.Χ. και λειτούργησε μέχρι το πρώτο μισό του 20ου αιώνα. Οι στοές βρίσκονταν μέχρι και 40 μέτρα κάτω από το έδαφος, είχαν ύψος κατά μέσο όρο 1,70 μέτρα και πλάτος 50 με 60 εκατοστά.
Στο παρελθόν γίνονταν συνεχώς προσθέσεις στο υπόγειο δίκτυο και οι στοές είχαν επεκταθεί σημαντικά, αλλά με τα χρόνια, πολλές κατέρρευσαν και πλέον είναι αδύνατον να χρησιμοποιηθούν. Είναι ειρωνικό το γεγονός ότι οι στοές άντεξαν πολέμους και καταστροφές χιλίων ετών, αλλά ισοπεδώθηκαν μέσα στα τελευταία πενήντα χρόνια από τις σύγχρονες κυβερνήσεις....
Σύμφωνα με την αρχαιοελληνική μυθολογία, μία από τις εισόδους του Άδη βρισκόταν κάτω από τον λόφο του Ίππιου Κολωνού. Από εκεί, έλεγε ο μύθος, κατέβηκε ο Οιδίποδας στον κάτω κόσμο. Το υπέδαφος της Αθήνας είναι γεμάτο κοιλότητες και σπήλαια που διαμορφώθηκαν από αρχαίους ποταμούς και ρυάκια.
Σπήλαια εντοπίζονται στο Λυκαβηττό και σε υψώματα της Κυψέλης και του Γαλατσίου, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν ως αποθηκευτικοί χώροι και καταφύγια σε εμπόλεμες περιόδους.
Ο βασιλιάς Όθωνας συνέδεσε τα Παλαιά Ανάκτορα με τη φυσική κοίτη του Ιλισού μέσω του υδραγωγείου του Εθνικού Κήπου για να μπορεί να διαφύγει προς τη θάλασσα σε περίπτωση ανάγκης.
Το 1936 με διαταγή του πρωθυπουργού Ιωάννη Μεταξά, όλοι οι κάτοικοι της Αθήνας κλήθηκαν να φτιάξουν υπόγεια καταφύγια, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν κυρίως στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Τη δεκαετία του ’30 οποιαδήποτε πολυκατοικία χτιζόταν έπρεπε να συνοδεύεται κι από ένα υπόγειο καταφύγιο. H Αθήνα είναι γεμάτη υπόγεια καταφύγια.
