Η ελληνοτουρκική κρίση τον Ιανουάριο του 1996, επέβαλε την ανάγκη συγκροτήσεως μιας Μονάδας Αμέσου Αντιδράσεως, αποτελούμενης κατά βάση από μόνιμα στελέχη, με δυνατότητα άμεσης επεμβάσεως, στα νησιά του Αν. Αιγαίου και της Δωδεκανήσου.
Τον Ιούνιο του 1996 το Ανώτατο Στρατιωτικό Συμβούλιο κύρωσε την οργανωτική Δ/γή της Ζ΄ ΜΑΚ και το ΓΕΣ/ΔΕΔ εξέδωσε τις διαταγές για την αρχική επάνδρωσή της.
Το προσωπικό της Μοίρας με τον επαγγελματισμό του, υπό την καθοδήγηση των Διοικητών της, καταξίωσε τη Ζ΄ Μοίρα Αμφίβιων Καταδρομών στη συνείδηση των ανδρών των Ειδικών Δυνάμεων, ως Μονάδα πρότυπο.
Σήμερα η μονάδα και κάτω από το άκρως επικίνδυνο περιβάλλον που έχει δημιουργηθεί στο Καστελόριζο, αλλά και γενικότερα βρίσκεται σε διαρκή επιφυλακή και εάν υπάρξει περαιτέρω κλιμάκωση, θα είναι από τις πρώτες που θα αναπτυχθεί στις ευαίσθητες περιοχές του Αιγαίου.
