Η θάλασσα στα ανοικτά του Yonaguni είναι μια δημοφιλής τοποθεσία καταδύσεων κατά τους χειμερινούς μήνες, λόγω του μεγάλου πληθυσμού Σφυροκέφαλων καρχαριών που ονομάστηκαν έτσι για την ασυνήθιστη και ξεχωριστή δομή τους.

Το 1987, και ενώ έψαχναν για ένα καλό μέρος να παρατηρήσουν τους καρχαρίες, παρατήρησαν κάποιους μοναδικούς σχηματισμούς στο θαλάσσιου βυθό που που έμοιαζαν με αρχιτεκτονικές δομές. Λίγο αργότερα, μια ομάδα επιστημόνων με τον ομότιμο Καθηγητή Masaaki Kimura του Πανεπιστημίου των Ryukyus επισκέφθηκαν τους σχηματισμούς που από τότε έχουν γίνει ένα σχετικά δημοφιλές αξιοθέατο για τους δύτες παρά τα ισχυρά ρεύματα.

Το βυθισμένο μνημείο Yonaguni-Jima αποτελείται από ψαμμίτες και πηλίτες από την περίοδο του Μειόκαινου, ενώ πιστεύεται ότι έχει δημιουργηθεί περίπου 20 εκατομμύρια χρόνια πριν. Οι περισσότεροι από τους σχηματισμούς είναι συνδεδεμένη με το υποκείμενο πέτρωμα μάζας.

Το κύριο χαρακτηριστικό τους είναι ότι πρόκειται για έναν ορθογώνιο σχηματισμό μετρώντας περίπου 150 μέτρα και περίπου 27 μέτρα σε ύψος, ενώ η κορυφή του βρίσκεται περίπου 5 μέτρα κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας.

Μερικά από τα στοιχεία του λέγεται ότι είναι:

Δύο στενά διαστήματα πυλώνων που ανέρχονται πλέον των 2,4 μέτρων από την επιφάνεια
Πέντε μέτρα πλάτος περβάζι που περιβάλλει τη βάση του σχηματισμού στις τρεις πλευρές
Μια πέτρινη στήλη περίπου 7 μέτρα ψηλή
Ένας τοίχος σε ευθεία δέκα μέτρων
Ένας απομονωμένος βράχος που στηρίζεται σε μια χαμηλή πλατφόρμα
Μία χαμηλή σχήματος αστεριού πλατφόρμα
Ένας τριγωνικός βράχος με δύο μεγάλες οπές στο άκρο του
Ένας βράχος σχήματος L
Η ύπαρξη αρχαίων στην παράδοση του Yonaguni και άλλων νησιών Ryukyu αποδεικνύεται από ευρήματα κάποιων παλιών τάφων και πολλών λίθινων αγγείων που βρέθηκαν στην περιοχή.

Μικρά στρατόπεδα, κεραμικά, λίθινα εργαλεία, και μεγάλα τζάκια που βρέθηκαν στο Yonaguni, πιθανώς χρονολογούνται από το 2500 π.Χ.. σύμφωνα με τον Αρχαιολόγο Richard J. Pearson που σημειώνει, ωστόσο, ότι πρόκειται για μικρές κοινότητες και ότι δεν είναι πιθανό να είχαν επιπλέον εργαλεία για την κατασκευή πέτρινων μνημείων.

Οι επίπεδες παράλληλες όψεις, οι αιχμηρές άκρες, και ως επί το πλείστον οι ορθές γωνίες του σχηματισμού έχουν οδηγήσει κάποιους στο συμπέρασμα ότι τα χαρακτηριστικά είναι τεχνητά. Αυτά τα χαρακτηριστικά περιλαμβάνουν μια τάφρο που διαθέτει δύο εσωτερικές γωνίες 90 °, καθώς και δύο μεγαλιθικές δομές που σύμφωνα με τον καθηγητή Kimura, φαίνεται να έχουν τοποθετηθεί εκεί.

Άλλα στοιχεία που παρουσιάστηκαν από εκείνους που ευνοούν μια τεχνητή προέλευση περιλαμβάνουν τις δύο στρογγυλές τρύπες (περίπου 2 πόδια) στην άκρη ενός Τρίγωνου, και μια ευθεία γραμμή με μικρότερες τρύπες που έχουν ερμηνευθεί ως μία εγκαταλελειμμένη προσπάθεια να χωρίσουν το ένα τμήμα του βράχου.

Ο Kimura πιστεύει επίσης ότι έχει εντοπίσει τα ίχνη ζώων και σχέδια που είναι χαραγμένα στους βράχους, συμπεριλαμβανομένου και ενός αλόγου, σημάδι που πιστεύει πως μοιάζει με ένα χαρακτήρα από το σύστημα γραφής Kaida.

Ο Kimura εκτιμά ότι το μνημείο θα πρέπει να είναι τουλάχιστον 10.000 ετών (8.000 π.Χ.), που χρονολογείται σε μια περίοδο κατά την οποία ήταν πάνω από το νερό. Σε μια έκθεση που δόθηκε στο Κογκρέσο Επιστήμης Ειρηνικού το 2007, αναθεωρήθηκε και εκτιμούν ότι  χρονολογείται 2.000 έως 3.000 χρόνια πριν, διότι το επίπεδο της θάλασσας, ήταν κοντά στα σημερινά επίπεδα, και προτείνει ότι μετά την κατασκευή, τεκτονική δραστηριότητα το προκάλεσε να βυθιστεί κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας.

Σύμφωνα με τον καθηγητή η περιοχή μπορεί να είναι ένα απομεινάρι του μυθικής χαμένης ηπείρου της MU.