Στις 19 Ιανουαρίου 379 ανακηρύχθηκε αυτοκράτορας του Ανατολικού Ρωμαϊκοϋ Κράτους, με αρχική πρωτεύουσα τη Θεσσαλονίκη. Βασίλευσε ως συναυτοκράτορας αρχικά με το Γρατιανό και Ουαλεντινιανό Β’ έως το 383, στη συνέχεια μόνο με τον Ουαλεντινιανό Β’ και από το 392 και μετά με συναυτοκράτορα τον γιο του Αρκάδιο. Παρά την περιορισμένη μόρφωσή του, είχε εξαιρετικές διοικητικές ικανότητες, ενώ παρά τα στρατιωτικά του προσόντα, δεν συμπαθούσε τον πόλεμο και τον θεωρούσε αμαρτία.

Παρ’ όλα αυτά αναδιοργάνωσε το στρατό, νίκησε τους Γότθους και κατέπνιξε εσωτερικές στάσεις στην Ιταλία, τη Θεσσαλονίκη και σ’ άλλες περιοχές. Στη Θεσσαλονίκη, μάλιστα, έδειξε μεγάλη σκληρότητα και διέταξε τη γενική σφαγή του πληθυσμού στον ιππόδρομο της πόλης (390). Για την πράξη του αυτή μετανόησε ύστερα από το επιτίμιο της ακοινωνησίας, που του επέβαλε ο αρχιεπίσκοπος Μεδιολάνων (Μιλάνου) Αμβρόσιος.

Οικογένεια Βαλτινών: Η ιστορία και η δράση τους το 1821

Αν και δεν ενδιαφερόταν για τις χριστιανικές ιδέες, αμέσως μετά την ανάρρησή του στο θρόνο βαπτίστηκε χριστιανός από τον επίσκοπο Θεσσαλονίκης Ασχόλιο. Ο Θεοδόσιος υποστήριξε το χριστιανισμό και τον καθιέρωσε ως υποχρεωτική και επίσημη θρησκεία του κράτους. Καταδίωξε τους ειδωλολάτρες, δήμευσε τις περιουσίες τους, κατάργησε τους Ολυμπιακούς Αγώνες (394), έκλεισε αρχαία ιερά και κατεδάφισε αρχαίους ναούς. Για να αποκαταστήσει την εκκλησιαστική αρμονία, που είχε διαταραχθεί από τις πολυποίκιλες αιρέσεις, συγκάλεσε τη Β’ Οικουμενική Σύνοδο στην Κωνσταντινούπολη (381), η οποία καταδίκασε την αίρεση των Πνευματομάχων του Μακεδόνιου, που αρνούνταν τη θεότητα του Αγίου Πνεύματος και επέβαλε την πίστη στην Τριαδική Θεότητα (Πατήρ, Υιός και Άγιο Πνεύμα).

Στην προσωπική του ζωή, ο Θεοδόσιος είχε τελέσει δύο γάμους: Το 376 με τη Λαιλία Φλακίλα, κόρη ανωτάτου αξιωματούχου της αυτοκρατορίας, με την οποία απέκτησε τρία παιδιά, τον Ονώριο, τον Αρκάδιο και την Πουλχερία και μετά τον θάνατό της με τη Γάλλα, αδελφή του Ουαλεντινιανού, με την οποία απέκτησε μία κόρη, τη Γάλλα Πλακιδία.

Η Στάση του Νίκα - Λαϊκή εξέγερση που συνέβη στο Βυζάντιο

Λίγο πριν από το τέλος της ζωής του ανακήρυξε αυτοκράτορες τους δυο γιους του, τον Ονώριο στο Δυτικό Κράτος και τον Αρκάδιο στο Ανατολικό. Πέθανε στο Μεδιόλανο (Μιλάνο) στις 17 Ιανουαρίου 395, σε ηλικία 48 ετών.

Ο Θεοδόσιος υπήρξε ο τελευταίος αυτοκράτορας της ενιαίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Από το έτος του θανάτου του, πολλοί ιστορικοί υποστηρίζουν ότι ξεκινά η ιστορική πορεία της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Η ιστορία τον ονόμασε Μέγα, κυρίως για τις εξαιρετικές υπηρεσίες που προσέφερε στον Χριστιανισμό. Η Εκκλησία τιμά τη μνήμη του κάθε χρόνο στις 17 Ιανουαρίου.