Σε ποινή ισόβιας είχε καταδικαστεί και ο σύντροφός της, Νίκος Μαζιώτης, το 2016. Σύμφωνα με πληροφορίες, η Πόλα Ρούπα θα ασκήσει έφεση στην πρωτόδικη απόφαση.
Τον Απρίλιο του 2010, Πόλα Ρούπα και Νίκος Μαζιώτης συνελήφθησαν σε σπίτι στα Καλύβια Αττικής και προφυλακίστηκαν. Τον Ιούλιο της ίδιας χρονιάς και κατά τη διάρκεια του εγκλεισμού γεννήθηκε ο γιος τους. Τον Οκτώβριο του 2011 αφέθηκαν ελεύθεροι με περιοριστικούς όρους λόγω παρέλευσης του 18μηνου, έως ότου τους παραβιάσουν τον Ιούνιο του 2012 κι εξαφανιστούν, με αποτέλεσμα τον Απρίλιο του 2013 να καταδικαστούν ερήμην σε 50 χρόνια κάθειρξη για τη συμμετοχή τους στον Επαναστατικό Αγώνα και τη δράση της οργάνωσης έως το 2010.
Τον Ιούνιο του 2014 συνελήφθη ο Νίκος Μαζιώτης.
Στις 21 Φεβρουαρίου 2016 η Ρούπα έθεσε σε εφαρμογή σχέδιο για την απόδραση του συντρόφου της, καθώς και των μελών της Συνωμοσίας Πυρήνων της Φωτιάς Γιώργο Πολύδωρο, Χρήστο Τσάκαλο, Γεράσιμο Τσάκαλο και Όλγα Οικονομίδου με ελικόπτερο. Λίγο αφότου το αεροσκάφος απογειώθηκε από χωριό της Αργολίδας, η Ρούπα επιχείρησε να πάρει τον έλεγχο υπό την απειλή όπλου. Ο πιλότος αμύνθηκε και, έπειτα από συμπλοκή κατά την οποία κινδύνεψαν να συντριβούν, το ελικόπτερο εν τέλει προσγειώθηκε με φόρα στο έδαφος.
Στο μακροσκελές κείμενο που δημοσίευσε η Ρούπα μερικές μέρες μετά το γεγονός ανέφερε πως η ενέργεια αυτή «εντασσόταν μέσα στα πλαίσια της συνέχισης της δράσης του Επαναστατικού Αγώνα», ενώ επισήμαινε πως ουδέποτε υπήρξε η πρόθεση να τεθεί σε κίνδυνο η ζωή του πιλότου.
Στις 5 Ιανουαρίου 2017, η Πόλα Ρούπα συνελήφθη εκ νέου από την Αντιτρομοκρατική σε σπίτι στην Ηλιούπολη Αττικής.
