Από τον Ιούνιο έως τον Δεκέμβριο εκδηλώθηκαν διωγμοί σε περιοχές της Μικράς Ασίας (Κωνσταντινούπολη, Σμύρνη, Κυδωνίες και Έφεσος) και της Κύπρου, που αποσκοπούσαν στην τρομοκράτηση των ραγιάδων και την εξόντωση των ηγετών τους.
Η Κύπρος με τη στρατηγική της θέση ανάμεσα στη Μικρά Ασία και την Εγγύς Ανατολή, δεν αποτέλεσε εξαίρεση. Στη μεγαλόνησο εκείνη την εποχή κατοικούσαν 80.000 Έλληνες και 20.000 Τούρκοι. Ο σουλτάνος Μαχμούτ Β’ γνώριζε ότι οι Έλληνες της Κύπρου δεν είχαν την πρόθεση να εξεγερθούν παρά την αριθμητική τους υπεροχή. Για πολλά χρόνια είχαν επιδείξει νομιμοφροσύνη, όπως αναφέρει το τουρκικό διάταγμα που στάλθηκε στη νήσο για τον αφοπλισμό τους.
Άλλωστε και η Φιλική Εταιρεία είχε εξαιρέσει την Κύπρο από την Επανάσταση, επειδή βρισκόταν μακριά από τις εστίες των πολεμικών επιχειρήσεων και το ελληνικό ναυτικό δεν μπορούσε να υποστηρίξει τον ξεσηκωμό του νησιού. Η συνεισφορά της Κύπρου συνίστατο σε χρήμα και έμψυχο δυναμικό, όπως μαρτυρά επιστολή του Αλέξανδρου Υψηλάντη προς τον αρχιεπίσκοπο της Κύπρου Κυπριανό, στις 8 Οκτωβρίου 1820, που τον ευχαριστεί για τα χρήματα που συγκέντρωσε από εράνους των κατοίκων του νησιού.
Θεόφιλος Χατζημιχαήλ, ο λαϊκός ζωγράφος που εξύμνησε το 1821 (εικόνες)
Παρόλα αυτά, για καθαρά προληπτικούς λόγους, στις 3 Μαΐου 1821, αποβιβάστηκαν στην Κύπρο 4.000 τούρκοι στρατιώτες από τη Συρία και την Παλαιστίνη. Μετά την ολοκλήρωση του αφοπλισμού των Ελλήνων, ο μουτεσελίμης Κιουτσούκ Μεχμέτ συνέταξε ένα κατάλογο 486 επιφανών Κυπρίων με επικεφαλής των αρχιεπίσκοπο Κυπριανό και διαμήνυσε στον σουλτάνο ότι σε τίποτα δεν ωφελεί ο αφοπλισμός ενόσω μένουν στη ζωή οι αναφερόμενοι στον κατάλογο, επειδή με τον πλούτο και τις διασυνδέσεις τους στην Ευρώπη μπορούν να προμηθευτούν όπλα και εφόδια και να προκαλέσουν εξέγερση στο νησί.
Η Υψηλή Πύλη έδωσε τη συγκατάθεσή της στη σφαγή όλων των προσώπων του καταλόγου και τη δήμευση της περιουσίας τους, εκτός κι αν αποφάσιζαν να αλλαξοπιστήσουν. Το σχέδιο τέθηκε αμέσως σε εφαρμογή. Οι πρόκριτοι κλήθηκαν στη Λευκωσία δήθεν για διαβουλεύσεις και τέθηκαν υπό κράτηση, ενώ οι περισσότεροι συνελήφθησαν στους τόπους διαμονής τους, στις 12 Ιουνίου 1821, κατά τη διάρκεια της κυριακάτικης Θείας Λειτουργίας. Από τους 486 προγραμμένους Ελληνοκύπριους μόνο 16 κατόρθωσαν να διαφύγουν. Οι υπόλοιποι ρίχτηκαν στα μπουντρούμια και περίμεναν την ημέρα της θανάτωσής τους.
Οι εξελίξεις πιθανόν επιταχύνθηκαν από την κυκλοφορία επαναστατικών προκηρύξεων στη Λάρνακα από τον αρχιμανδρίτη Θεόφιλο Θησέα και από την εμφάνιση ελληνικών πλοίων δυτικά της Κερύνειας, με επικεφαλής, σύμφωνα με μία παράδοση, τον Κωνσταντίνο Κανάρη.
Tα όπλα των αγωνιστών του 1821: Το καριοφίλι, το χατζάρι και ο κεφαλοθραύστης
Στις 9 Ιουλίου 1821, ο αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κυπριανός απαγχονίστηκε στην πλατεία Διοικητηρίου της Λευκωσίας κάτω από μία μουριά, ενώ την ίδια ημέρα καρατομήθηκαν οι τρεις μητροπολίτες της Κύπρου, ο Πάφου Χρύσανθος, ο Κιτίου Μελέτιος και ο Κυρηνίας Λαυρέντιος, καθώς και άλλοι κληρικοί. Την επομένη και ως τις 14 Ιουνίου αποκεφαλίστηκαν και οι υπόλοιποι του καταλόγου, εκτός από 36 που αλλαξοπίστησαν.
Χρόνια αργότερα, μεταξύ 1884 και 1895, ο εθνικός ποιητής της Κύπρου Βασίλης Μιχαηλίδης (1849-1917) έγραψε το επικό ποίημα «Η 9η Ιουλίου του 1821 εν Λευκωσία Κύπρου», όπου αναφέρεται στα τραγικά γεγονότα εκείνων των ημερών.