Ο Μαρίνος Ουζουνίδης είναι ο πρώτος Έλληνας προπονητής που οδήγησε την ΑΕΚ στους ομίλους του Champions League. Η πρόκριση επί της Βίντι σημαίνει ότι η Ένωση θα συμμετάσχει για 5η φορά στην κορυφαία διασυλλογική διοργάνωση, αλλά τις τέσσερις προηγούμενες στο «τιμόνι» της βρίσκονταν ξένοι.
Τη σεζόν 1994/95 έγινε η πρώτη ελληνική ομάδα που προκρίθηκε σε όμιλο, με προπονητή τον Ντούσαν Μπάγεβιτς, νυν εκτελεστικό διευθυντή. Με αντιπάλους τις δύο φιναλίστ εκείνης της σεζόν, Μίλαν-Άγιαξ, καθώς και τη Σάλτσμπουργκ, η ΑΕΚ ολοκλήρωσε την «παρθενική» εμπειρία της με δύο ισοπαλίες και 4 ήττες.
Πέρασαν οκτώ χρόνια και έμελλε να είναι ο Μπάγεβιτς εκείνος που θα οδηγούσε ξανά την ομάδα στους ομίλους. Τη σεζόν 2002/2003 ο «Πρίγκιπας» είχε ήδη περάσει από τον Ολυμπιακό και είχε επιστρέψει στην ΑΕΚ, η οποία έγραψε ιστορία. Έγινε η μοναδική ομάδα που ολοκλήρωσε τους έξι αγώνες του ομίλου με έξι ισοπαλίες και ταυτόχρονα η μοναδική που αποκλείστηκε αήττητη με αντιπάλους τη Ρεάλ Μαδρίτης, τη Ρόμα και τη Γκενκ! Συνέχισε, βέβαια, στο κύπελλο UEFA και δημιούργησε συνολικά το αήττητο ρεκόρ των 12 αγώνων, που καταρρίφθηκε το 2018.
Την αμέσως επόμενη αγωνιστική περίοδο (2003/04) η ΑΕΚ τα κατάφερε ξανά κι αυτή ήταν η μοναδική περίπτωση με «back to back» συμμετοχές στο Champions League. Πάλι με τον Μπάγεβιτς στην τεχνική ηγεσία, αλλά με πολύ χειρότερη παρουσία σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά. Τέσσερις ήττες, δύο ισοπαλίες και μόλις ένα γκολ εναντίον της Μονακό, της Λα Κορούνια και της Αϊντχόφεν.
Το 2006/2007 ήταν η χρονιά που ο «Δικέφαλος» πανηγύρισε τις πρώτες νίκες του, εναντίον της Μίλαν και της Λιλ, ενώ είχε δύο ισοπαλίες με την Άντερλεχτ. Προπονητής ήταν ο Λορέντσο Σέρα Φερέρ και η ΑΕΚ έμεινε στην 3η θέση του ομίλου, κυρίως λόγω της νίκης της Λιλ στο Μιλάνο στην τελευταία αγωνιστική.
Συνολικά η ΑΕΚ έχει δώσει 24 αγώνες στους ομίλους του Champions League με απολογισμό 2 νίκες, 12 ισοπαλίες, 10 ήττες και τέρματα 17-36. Ακριβώς 24 είναι και οι προκριματικοί που έχει αγωνιστεί, με απολογισμό 10 νίκες, 6 ισοπαλίες, 8 ήττες.
