Η ανακοίνωση της κυβέρνησης ότι απευλαύνει Ρώσο διπλωμάτη «σε ένδειξη αλληλεγγύης προς το Ηνωμένο Βασίλειο», λόγω της υπόθεσης Σκριπάλ έφερε αναταράξεις στο εσωτερικό της κυβέρνησης, καθώς ξέσπασε νέα θεσμική κόντρα.
Με την απόφαση του ΥΠΕΞ της χώρας διαφώνησε ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας κ. Γκιόργκι Ιβάνωφ, ο οποίος, σε ανακοίνωση του γραφείου του, την χαρακτήρισε «βιαστική», υπογραμμίζοντας πως μπορεί να βλάψει τα συμφέροντα της χώρας.
Απαντώντας ο υπουργός Εξωτερικών Νίκολα Ντιμιτρόφ, υποστήριξε, σε συνέντευξη τύπου, ότι η απόφαση για την απέλαση του Ρώσου διπλωμάτη ελήφθη με μεγάλη προσοχή και κατόπιν ενδελεχούς ανάλυσης. Όπως είπε, αυτή στηρίζεται, δε, σε δύο λόγους: ο πρώτος είναι διεθνής και αφορά την επίθεση με χημικό όπλο στη Μεγάλη Βρετανία και την επίδειξη αλληλεγγύης προς τους συμμάχους που προχώρησαν σε συντονισμένες ενέργειες, ενώ ο δεύτερος είναι εσωτερικός, καθώς, όπως υποστήριξε, ο Ρώσος διπλωμάτης που απελαύνεται με τις ενέργειές του «βγήκε έξω από τα όρια της διπλωματικής του εντολής και τις διατάξεις της Σύμβασης της Βιέννης».
Στην αντιπαράθεση ενεπλάκησαν, τόσο η ρωσική όσο και η βρετανική πρεσβεία στα Σκόπια. Με ανακοίνωσή της στο twitter η πρεσβεία της Ρωσίας, χαρακτήρισε την απόφαση ως «εξαιρετικά εχθρική και αδικαιολόγητη πράξη», δίχως προηγούμενο στις διμερείς σχέσεις Ρωσίας - Σκοπίων, ενώ προειδοποίησε ότι όλες οι συνέπειες αυτής της πράξης «θα βαρύνουν αποκλειστικά» τα Σκόπια.
Από την πλευρά του, ο Βρετανός πρέσβης στα Σκόπια, Charles Garrett, μέσω του Twitter και εκείνος, χαιρέτισε την απόφαση του ΥΠΕΞ, σημειώνοντας ότι αυτή αποτελεί «ισχυρή επίδειξη αλληλεγγύης» και αναπόσπαστο κομμάτι «της εξαιρετικής ενωμένης στάσης της διεθνούς κοινότητας απέναντι στην ρωσική επίθεση με νευροτοξικό παράγοντα σε βρετανικό έδαφος».
Στην υπόθεση παρενέβη και ο πρωθυπουργός, Ζόραν Ζάεφ, ο οποίος, μεταξύ άλλων, δήλωσε πως «αυτή δεν πρέπει να επιδεινώσει τις σχέσεις της χώρας με την Ρωσία», αλλά, επανέλαβε, ότι οι Ρώσοι διπλωμάτες «εδώ και σε όλο τον κόσμο» θα πρέπει να σέβονται την Σύμβαση της Βιέννης και τους νόμους των χωρών φιλοξενίας.
