Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε η Εκκλησία της Ελλάδος ζητώντας να κριθούν αντισυνταγματικές ορισμένες διατάξεις του Προεδρικού Διατάγματος (18/2018) που αφορά στο νέο οργανισμό του υπουργείου Παιδείας ο οποίος καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους, τις αρμοδιότητες και την οργάνωση του .
Στην προσφυγή της στρέφεται κατά του άρθρου που αφαιρείται, σε σχέση με το προγενέστερο καθεστώς, από την αποστολή του υπουργείου Παιδείας η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης» ενώ παράλληλα υποστηρίζει πως περιορίζεται το δικαίωμα αυτοδιοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Όπως αναφέρει η Εκκλησία της Ελλάδος το υπουργείο Παιδείας αφαιρεί τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου ενώ σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
Επιπλέον υπογραμμίζει πως παραβιάζουν τόσο το Σύνταγμα, όσο και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), οι διατάξεις εκείνες του νέου οργανισμού που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της Εκκλησίας της Ελλάδος και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει.
Μάλιστα, διευκρινίζεται στην αίτηση ακύρωσης, ότι οι νέες ρυθμίσεις θεσπίζουν κρατική εποπτεία και αποδίδουν αρμοδιότητες στην υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.
