Οι προελαύνουσες στο Ανατολικό Μέτωπο γερμανικές δυνάμεις κατέλαβαν το Κίεβο στις 19 Σεπτεμβρίου 1941. Εννιά μέρες αργότερα τοιχοκόλλησαν μια ανακοίνωση σε κάθε γωνιά της πόλης: «Όλοι οι Εβραίοι του Κιέβου και των περιχώρων διατάσσονται να παρουσιαστούν στις 8 το πρωί της 29ης Σεπτεμβρίου στη γωνία των οδών Μελνικόφσκι και Ντοκτούροφ, κοντά στο νεκροταφείο. Θα πρέπει να φέρουν μαζί τους οποιοδήποτε έγγραφο που να πιστοποιεί την ταυτότητά τους, καθώς και τα προσωπικά τους είδη. Όποιος παρακούσει τη διαταγή και βρεθεί σε άλλο μέρος της πόλης θα εκτελείται επιτόπου, όπως και κάθε πολίτης που θα εισέλθει σε κατοικία εβραίου και συλληφθεί να κλέβει».

Οι περισσότεροι από τους 175.000 εβραίους της περιοχής πίστεψαν ότι θα κατέληγαν σε κάποιο στρατόπεδο συγκέντρωσης. Όμως, οι Ναζί είχαν αποφασίσει ήδη από τις 26 Σεπτεμβρίου να τους εκτελέσουν σε αντίποινα για μια σειρά βομβιστικών ενεργειών κατά στρατιωτικών τους εγκαταστάσεων από την σοβιετική αντίσταση.

Ο εβραϊκός πληθυσμός του Κιέβου (άνδρες, γυναίκες και παιδιά) συγκεντρώθηκε τελικά στο κοιμητήριο, περιμένοντας τα τρένα που θα τους μετέφεραν στην εξορία, όπως πίστευαν. Μόλις άκουσαν το κροτάλισμα των πολυβόλων κατάλαβαν ότι ήταν ήδη πολύ αργά για να ξεφύγουν από την κόλαση που τους περίμενε. Οι άνδρες των SS και οι ντόπιοι συνεργάτες τους οδηγούσαν τους εβραίους σε μικρές ομάδες των 10 ατόμων στο χείλος του φαραγγιού, όπου τους πολυβολούσαν, αφού πρώτα τους έγδυναν και τους χτυπούσαν ανηλεώς αν προέβαλαν αντίσταση. Στις 30 Σεπτεμβρίου η πρώτη πράξη της ανθρωποσφαγής είχε ολοκληρωθεί.

Τη διαταγή είχε δώσει ο ίδιος ο αρχηγός των SS, o διαβόητος Χάινριχ Χίμλερ και την εκτέλεσή της ανέλαβε ο στρατηγός Φρίντριχ Γιέκελν. Σύμφωνα με την αναφορά του τοπικού τμήματος των SS προς την κεντρική διοίκηση στο Βερολίνο, 33.771 εβραίοι εκτελέστηκαν. Σε αυτούς θα πρέπει να προσθέσουμε και άλλους 60.000 ομοεθνείς τους, αλλά και τσιγγάνους, αντιστασιακούς και αιχμαλώτους, που εκτελέστηκαν λίγες μέρες αργότερα στο ίδιο σημείο.

Ο υπεύθυνος της σφαγής Φρίντριχ Γιέκελν συνελήφθη από τους Σοβιετικούς και αφού προσήχθη σε δίκη εκτελέστηκε στη Ρίγα της Λετονίας στις 3 Φεβρουαρίου 1946.

Η σφαγή στο Μπάμπι Γιάρ ενέπνευσε τον σπουδαίο ουκρανό ποιητή Γιεβγένι Γεφτουσένκο να γράψει ένα ποίημα με τον τίτλο «Μπάμπι Γιάρ». Το μελοποίησε ο μεγάλος ρώσος συνθέτης Ντμίτρι Σοστακόβιτς και το ενέταξε στη Συμφωνία αρ. 13, που φέρει τον υπότιτλο «Μπάμπι Γιάρ».