Στις 18 Ιουλίου 1898 η Συνέλευση των Κρητών εξέλεξε εκτελεστική επιτροπή, το «Εκτελεστικόν Κρήτης», που θα αναλάμβανε τη διακυβέρνηση της νήσου για το χρονικό διάστημα μέχρι την άφιξη του ύπατου αρμοστή πρίγκηπα Γεωργίου, δευτερότοκου γιου του βασιλιά των Ελλήνων Γεωργίου Α’. Το αποτελούσαν ο Ελευθέριος Βενιζέλος, ο Ιωάννης Ζαχαράκης, ο Ιωάννης Σφακιανάκης, ο Εμμανουήλ Μυλωνογιαννάκης, ο Νικόλαος Γιαμαλάκης και ο Αντώνιος Χατζηδάκης.

Η εξέλιξη αυτή ανησύχησε, όπως ήταν φυσικό, τους Τουρκοκρητικούς (γηγενείς μουσουλμάνους, ως επί το πλείστον), που αποτελούσαν περί το 15% του συνολικού αριθμού των κατοίκων της μεγαλονήσου. Κι ενώ απόσπασμα του αγγλικού στρατού εγκαθιστούσε στο Ηράκλειο υπαλλήλους τού Εκτελεστικού, σύμφωνα με την απόφαση των ξένων ναυάρχων, ο εξαγριωμένος τουρκικός όχλος της πόλης εξετράπη σε πράξεις πρωτοφανούς βαρβαρότητας.

Στις 25 Αυγούστου 1898, εκατοντάδες χριστιανοί σφαγιάστηκαν και μαζί τους 17 άγγλοι στρατιώτες και ο πρόξενος της Αγγλίας στο Ηράκλειο Λυσίμαχος Καλοκαιρινός. Πυρπολήθηκαν καταστήματα και συνοικίες χριστιανών και η εικόνα επανέφερε στη μνήμη τις σκληρότερες στιγμές της τουρκικής θηριωδίας.

Η Αγγλία αντέδρασε αμέσως και δυναμικά. Απαγχονίστηκαν 17 σημαίνοντες Τουρκοκρητικοί, πρωταίτιοι των βανδαλισμών, άλλοι απελάθηκαν ή φυλακίστηκαν και ο τουρκικός στρατός υποχρεώθηκε να εγκαταλείψει την Κρήτη. Στις 2 Νοεμβρίου 1898 και ο τελευταίος τούρκος στρατιώτης εγκατέλειπε το κρητικό έδαφος.

Η ελευθερία της Κρήτης ήταν πλέον γεγονός. Οι Μεγάλες Δυνάμεις ανέλαβαν την προστασία της νήσου και η μακραίωνη περίοδος της δουλείας είχε τελειώσει οριστικά. Η Κρητική Πολιτεία που συστάθηκε αποτέλεσε το μεταβατικό στάδιο πριν από την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα την 1η Δεκεμβρίου 1913.