Το έτος 1735 ιδρύθηκε το Μοναστήρι του Αγίου Σπυρίδωνα, εκεί ακριβώς που είναι η σημερινή ομώνυμη εκκλησία, πάνω σχεδόν στα ερείπια του αρχαίου ναού της Αφροδίτης. Το μοναστήρι αυτό ήταν οχυρωμένο με γερούς τοίχους, απόρθητες επάλξεις και αρκετές πολεμίστρες. Η είσοδός του ήταν θολωτή, με διπλές και γερές πόρτες, το δε διάκενο που μεσολαβούσε ανάμεσα στις δύο, ήταν αδιάβατο για τους ξένους, γιατί στο κέντρο του Θόλου υπήρχε μια τρύπα απ’ όπου οι καλόγεροι του Μοναστηρίου, ζεματούσαν με βραστό λάδι και καυτό μολύβι, αυτούς που θα προσπαθούσαν να μπουν με τη βία στη Μονή.

Όλη η πειραϊκή χερσόνησος αποτελούσε κτήμα της ή αλλιώς βακούφι της. Επίσης είχε αρκετά μετόχια, εκ των οποίων το γνωστότερο βρισκόταν στην περιοχή του Καραβά, του οποίου ο μετοχιάρης συμμετείχε στις συνελεύσεις των κατοίκων της για την εκλογή της Δημογεροντίας ή για οποιοδήποτε άλλο πρόβλημα ή ανάγκη προέκυπτε.

Η μονή ενίσχυε συνεχώς το κύρος της μέχρι που το 1767 έγινε «σταυροπηγιακή».

Κατά την διάρκεια της Εθνεγερσίας του 1821, ο Πειραιάς έγινε σημείο πολεμικών συγκρούσεων κατά το κρίσιμο έτος του 1827, όπου μετά την κατάληψη του λόφου της Καστέλας από τους Έλληνες με επικεφαλής τον Σκωτσέζο φιλέλληνα συνταγματάρχη Gordon, οι Τούρκοι οχυρώθηκαν στη μονή του Αγίου Σπυρίδωνα.

Κατά το δίμηνο Μαρτίου – Απριλίου του 1827, οι ελληνικές στρατιωτικές δυνάμεις πολιόρκησαν τη μονή και μετά από ανηλεή βομβαρδισμό αναγκάζουν τους πολιορκημένους Τουρκαλβανούς να παραδοθούν.

Ήταν τόσο γερό το μοναστήρι ώστε άντεξε καταπληκτικά το 1827, στο βομβαρδισμό που έκανε επί δύο ημέρες κατά την Επανάσταση ο ναύαρχος Αστιγξ με τα πολεμικά «Καρτερία» και «Ελλάς».

Από το μοναστήρι του Αγίου Σπυρίδωνα πέρασαν μεταξύ άλλων τρεις ηγούμενοι, ένας με το όνομα Διονύσιος, άλλος ο Νικηφόρος Γαβριήλ, και τρίτος ο Συμεών Μαρμαροτούρης.

Ο Μαρμαροτούρης συνεργάστηκε με διάφορους δημογέροντες, τον Νικ. Τυρναβίτη, Λογοθέτη και άλλους, για ζητήματα σχετικά με την Επανάσταση.

Στο μοναστήρι αυτό τον αγωγό του νερού τον είχε κατασκευάσει με δικά του χρήματα ο ιδρυτής της ομώνυμης Σχολής Γιάννης Ντέκκας. Μάλιστα, στη διαθήκη του, που έγινε τον Νοέμβριο του 1757 «μπροστά στο Δημόσιο Συμβολαιογράφο Μπονεφάτσιο» και που διαβάστηκε μετά πέντε χρόνια από την κηδεία του, άφηνε στη Μονή του Αγίου Σπυρίδωνα τα εξής χρήματα και εντολές: «Τετρακόσια δουκάτα για ν’ αγοράσουν οι επίτροποι ένα υποστατικό, από τα χρήματα του οποίου θα διατηρούνε καθαρή και σώα τη σωλήνα που φέρνει νερό στο μοναστήρι. Κι ότι απομείνη από το περίσσευμα του υποστατικού, να ξοδεύεται για τον εξωραϊσμό του μοναστηρίου». Επίσης έκανε διάφορες συστάσεις για τον υδραγωγό, και ειδικά για τον επιστάτη «επειδή το νερό είναι αγαθό του Θεού και επομένως ωφέλιμο για όλους»! Και τελειώνοντας, γράφει: «… αν δεν κάνει αυτά που γράφω, θα δώση λογαριασμό στον κριτή Θεό για τα τετρακόσια δουκάτα»!

Όταν διαλύθηκε το μοναστήρι, έμειναν στα χέρια του ηγουμένου Συμεών μερικά πράγματα, για τα οποία έγινε ολόκληρη αλληλογραφία μεταξύ αυτού και του Επαρχιακού διευθυντή της Αττικής.

Τα πράγματα που παρακρατούσε ο Μαρμαροτούρης ήταν ένα Ευαγγέλιο, δυο σταυροί, τέσσερα καντήλια αργυρά, δυο πετραχείλια χρυσά, και διάφορα άλλα είδη. Τελικά, τα κειμήλια αυτά τα πήρε αργότερα η εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα.

Με τη διάλυση του μοναστηριού – όπως και άλλων μοναστηριών του Ελλαδικού χώρου – το 1833, κρατικοποιήθηκε η περιουσία του και ο βασιλιάς Όθωνας έχτισε νέο ναό στη θέση της ερειπωμένης μονής, το 1836. Ως αντίδωρο για την προσφορά της πάλαι ποτέ μονής του Αγίου Σπυρίδωνος, στο ελληνικό έθνος ανακήρυξε τον Άγιο Σπυρίδωνα πολιούχο του Πειραιά.