Προβληματισμό προκαλεί και στην Αθήνα η πρόσφατη απόφαση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Βουλγαρίας, να θέσει υπό την «προστασία» της, την σχισματική εκκλησία των Σκοπίων.
Πρόσφατα η Ιερά Σύνοδος της Βουλγαρικής Εκκλησίας αποφάσισε να αποδεχθεί το αίτημα της σχισματικής Εκκλησίας της πΓΔΜ, για υπαγωγή της στο Βουλγαρικό Πατριαρχείο, προκειμένου να βγει από την απομόνωση στην οποία έχει περιέλθει μετά την απόσχιση από το Πατριαρχείο της Σερβίας.
Η Εκκλησία των Σκοπίων δεν αναγνωρίζεται από τις άλλες ορθόδοξες Εκκλησίες καθώς θεωρείται σχισματική, μια και αυτοανακηρύχθηκε Αυτοκέφαλη, παρά την αντίθεση της Σερβικής Εκκλησίας στην οποία ανήκε μέχρι το 1967. Η Σερβική Εκκλησία θεωρεί την κήρυξη αυτοκέφαλου αντικανονική κατά παράβαση της εκκλησιαστικής νομιμότητας η οποία επιβλήθηκε για πολιτικούς λόγους από το κομμουνιστικό καθεστώς.
Στην τελευταία συνεδρίαση της, η Διαρκής Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος, ασχολήθηκε διεξοδικά με θέμα που πυροδοτεί νέες εντάσεις μεταξύ των ορθόδοξων εκκλησιών και παράλληλα ξυπνά πάθη του παρελθόντος στα Βαλκάνια. Με ανακοίνωσή της, η Δ.Ι.Σ. ζητάει από την Εκκλησία της Βουλγαρίας, να μην προχωρήσει στην προκλητική ενέργεια, που ουσιαστικά αποτελεί παρέμβαση στο εσωτερικό του Σερβικού Πατριαρχείου, μια και η περιοχή των Σκοπίων αποτελεί πνευματική επικράτεια της. «Η Δ.Ι.Σ. εκφράζει την ανησυχία της για το γεγονός της επεμβάσεως της Εκκλησίας της Βουλγαρίας με την ενέργεια αυτή σε δικαιοδοσία άλλης Ορθόδοξης Εκκλησίας, δηλαδή της Εκκλησίας της Σερβίας, πράξη η οποία αντίκειται στους Ιερούς Κανόνες και την Παράδοση της Εκκλησίας, παραθεωρεί το κανονικό δικαίωμα και τον υπερέχοντα ρόλο του Οικουμενικού Πατριαρχείου και ενδέχεται να αποτελέσει απαρχή δυσχερών εξελίξεων» αναφέρει σχετική ανακοίνωση, η οποία καταλήγει με την ευχή να «επικρατήσει σύνεση και η απόφαση της Αδελφής Εκκλησίας της Βουλγαρίας να μην οριστικοποιηθεί τελικώς».
