Οι Σάμιοι υπό την αρχηγία του «Καρμανιόλου» Λυκούργου Λογοθέτη είχαν επαναστατήσει κατά των Οθωμανών το 1821 και είχαν εγκαταστήσει καθεστώς αυτονομίας στο νησί, όμως η θέση της Σάμου, λίγα μίλια από τις ακτές της Μικράς Ασίας, την καθιστούσε εύκολο στόχο για το ναυτικό του Σουλτάνου.

Πράγματι, μετά την καταστροφή των Ψαρών (21 Ιουνίου 1824), ο Μαχμούτ έθεσε ως πρώτη προτεραιότητα την απόβαση και την κατάληψη της νήσου.

Οι Έλληνες για να μην επαναλάβουν το λάθος των Ψαρών, αποφάσισαν να ανασυγκροτήσουν τον στόλο και να σπεύσουν προς υπεράσπιση της Σάμου. Τώρα δεν είχαν καμία δικαιολογία να μην το κάνουν, αφού μόλις είχε παραληφθεί ένα μεγάλο μέρος του δανείου, που είχε συνάψει στο Λονδίνο η επαναστατική κυβέρνηση.

Το υπόβαθρο της ναυμαχίας

Στις 30 Ιουλίου 1824 ο ελληνικός στόλος, αποτελούμενος κυρίως από υδραίικα και σπετσιώτικα πλοία, υπό την αρχηγία του Υδραίου Γεωργίου Σαχτούρη, έπλεε στα ανοιχτά της Ικαρίας. Αφού αντιμετώπισε επιτυχώς απόπειρα των Τούρκων να αποβιβάσουν στρατεύματα στο Καρλόβασι, έφθασε αργά το βράδυ στη Σάμο, όπου ανασυγκροτήθηκε κι ενισχύθηκε με τα ψαριανά πυρπολικά του Κανάρη και του Νικόδημου.

Την επομένη, 31 Ιουλίου, ελληνικά πλοία κινήθηκαν προς τα τουρκικά παράλια και συγκεκριμένα προς το στενό της Μυκάλης, όπου διέκριναν συγκεντρώσεις τουρκικών στρατευμάτων, που προορίζονταν για την επιχείρηση κατάληψης της Σάμου. Τα ελληνικά πλοία ενεπλάκησαν σε σειρά αψιμαχιών με τα τουρκικά, τις τρεις πρώτες μέρες του Αυγούστου, σε μία προσπάθεια να ματαιώσουν τις κινήσεις τους.

Στις 4 Αυγούστου, ο εχθρικός στόλος πραγματοποίησε μεγάλης κλίμακας εξόρμηση κατά των ελληνικών πλοίων, που τον υποδέχθηκαν με σφοδρό κανιοβολισμό. Ο Κανάρης προσπάθησε να πυρπολήσει την τουρκική ναυαρχίδα, αλλά απέτυχε. Πέτυχε, όμως, να ματαιώσει την έφοδο του εχθρού, που φοβισμένος απομακρύνθηκε μέσα στη νύχτα.

Η ναυμαχία και ο απολογισμός

Την άλλη μέρα το πρωί, 5 Αυγούστου 1824 (17 Αυγούστου με το νέο ημερολόγιο), δόθηκε η αποφασιστική ναυμαχία. Τα ελληνικά πυρπολικά πρωταγωνίστησαν για μία ακόμη φορά και καθόρισαν την έκβαση της αναμέτρησης. Με επικεφαλής τον Κωνσταντίνο Κανάρη και άξιους συμπαραστάτες τούς Δημήτριο Τσάπελη, Λέκα Ματρόζο, Δημήτριο Ραφαλιά, Αναστάσιο Ρομπότση και Ιωάννη Βατικιώτη, κατόρθωσαν να κάψουν τρία εχθρικά πλοία: τη φρεγάτα «Μπρουλότ-Κορκμάζ» («Ατρόμητος στο Πυρπολικό»), ένα «φρεγαδόνι Τριπολίνικον» κι ένα μεγάλο «Τουνεζίδικο βρίκι».

Από την πλευρά τους, τα υδραίικα και σπετσιώτικα πλοία με τα πυροβόλα τους εμπόδισαν τον εχθρό να προχωρήσει. Μάλιστα, σε κάποια φάση της αναμέτρησης πέρασαν στην αντεπίθεση, με επικεφαλής τον Ανάργυρο Λεμπέση. Ο Χοσρέφ Πασάς, διαπιστώνοντας τον αποσυντονισμό του στόλου του, προτίμησε να τερματίσει τη ναυμαχία και να οπισθοχωρήσει, μετά τα μεσάνυχτα, προς το Αγαθονήσι.

Οι απώλειες για το τουρκικό ναυτικό, εκτός από τα τρία πλοία, ήταν 100 κανόνια και περίπου 1000 άνδρες. Οι Έλληνες θρήνησαν τον θάνατο τριών μπουρλοτιέρηδων. Η Ναυμαχία της Σάμου, με την επακολουθήσασα Ναυμαχία του Γέροντα (29 Αυγούστου 1824), διασφάλισε την ανεξαρτησία της νήσου, καθ’ όλη τη διάρκεια του Αγώνα. ‘Ομως, η Σάμος δεν συμπεριελήφθη στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος, καθώς αναγορεύτηκε από τις Μεγάλες Δυνάμεις σε αυτόνομη ηγεμονία, φόρου υποτελής στο σουλτάνο. Στον εθνικό κορμό θα ενσωματωθεί στις 2 Μαρτίου 1913, κατά τη διάρκεια του Α’ Βαλκανικού Πολέμου.